Les nouvelles sous-variantes d’Omicron sont-elles une menace ? Voici comment les scientifiques veillent

Cette histoire a été soutenue par le Pulitzer Center.

Cap-Occidental, Afrique du Sud

Des pintades mouchetées dérivent dans le jardin où Tulio de Oliveira est assis alors qu’il décrit deux nouveaux membres de la famille croissante des coronavirus SARS-CoV-2 Omicron. Appelées BA.4 et BA.5, les sous-variantes augmentent maintenant en prévalence en Afrique du Sud, où le virologue dirige l’un des programmes de surveillance génomique les plus solides au monde pour le SRAS-CoV-2, au Center for Epidemic Response and Innovation de l’Université de Stellenbosch en Afrique du sud.

Les virus ont retenu l’attention de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) car, selon des études en laboratoire, leurs mutations pourraient leur permettre d’échapper à l’immunité acquise grâce aux vaccins COVID-19 ou à des infections antérieures plus fortement que les versions existantes d’Omicron. De Oliveira est clair, cependant, qu’il n’est pas paniqué par BA.4 et BA.5. Bien que les sous-variantes aient rapidement gagné du terrain en Afrique du Sud au cours du mois dernier, les taux de cas de COVID-19 et d’hospitalisations sont stables dans le pays. Il est également imperturbable parce qu’il a déjà vécu cela auparavant – son équipe a fait des découvertes similaires pendant la pandémie et connaît l’exercice. En ce moment, dit-il, « il est juste temps de travailler avec soin et diligence, mais calmement. »

Les scientifiques étudient actuellement ces sous-variantes, détectées jusqu’à présent dans neuf pays, afin de déterminer si leur effet est suffisamment grave pour justifier des interventions. Le SRAS-CoV-2 continuera de muter au fur et à mesure de son évolution, mais toutes les variantes ne seront pas dignes d’intérêt. Pour déterminer ce qui mérite l’attention, Wendy Barclay, virologue à l’Imperial College de Londres, dit que les chercheurs se concentrent sur deux facteurs : « Nous nous soucions d’une différence dans la gravité de la maladie, et nous nous soucions d’une variante qui échappe aux vaccins – car même si nous avons même gravité, une augmentation des cas a toujours un impact important sur la vie.

Dans le même temps, les chercheurs se demandent comment communiquer ouvertement leurs préoccupations et l’incertitude concernant les variantes, sans provoquer de politiques gouvernementales inutiles ni d’anxiété. À la fin de l’année dernière, lorsque l’équipe de de Oliveira a détecté l’Omicron original, des pays comme les États-Unis et le Royaume-Uni ont invoqué des interdictions de voyager contre l’Afrique du Sud. Les interdictions n’ont pas empêché la propagation de la variante, mais ont gravement endommagé l’économie sud-africaine déjà en difficulté. Si cela se reproduit, dit de Oliveira, « je cesserais de partager des données en temps réel avec le monde, mais je continuerais à partager avec mon gouvernement, pour guider notre propre réponse. »

Les nouvelles variantes

Le 1er avril, Eduan Wilkinson, un bioinformaticien de l’équipe de de Oliveira à Stellenbosch, a vu que des chercheurs du laboratoire du centre et de l’Institut national des maladies transmissibles de Johannesburg avaient signalé plusieurs séquences anormales du génome du SRAS-CoV-2 dans leur dernier lot de données. . Les séquences présentaient quelques mutations notables dans la région du SRAS-CoV-2 qui code pour sa protéine de pointe. Parce que la protéine de pointe est la clé du virus envahissant les cellules, Wilkinson a reconnu un besoin urgent de rechercher ces mutations dans tous les génomes séquencés dans le pays au cours des derniers mois pour voir si elles étaient passées inaperçues.

Travaillant tout au long du week-end, lui et ses collègues ont constaté qu’ils l’avaient fait. Un mois plus tôt – au cours de la première semaine de mars – les séquences BA.4 et BA.5 représentaient environ 5% des quelque 500 génomes séquencés en Afrique du Sud. Dès la première semaine d’avril, la part était passée à 50 %. Cette semaine-là, un groupe international de classification des virus a déterminé que BA.4 et BA.5 étaient en effet leurs propres lignées distinctes sur l’arbre généalogique Omicron et leur a donné leurs noms.

En plus des séquences accumulées d’Afrique du Sud, un nombre relativement restreint de séquences BA.4 ont été téléchargées sur la plate-forme de données GISAID du Botswana, de la Belgique, du Danemark et du Royaume-Uni au cours des deux dernières semaines, et BA.5 est apparu de Chine, de France, d’Allemagne et du Portugal.

Une chose qui distingue BA.4 et BA.5 pour les virologues est une mutation d’acides aminés qu’ils partagent appelée F486V. Il est situé sur la protéine de pointe des virus près de l’endroit où la protéine se fixe au récepteur ACE2 sur les cellules – une interaction qui ouvre la porte à l’infection. Des anticorps importants générés en réponse aux vaccins COVID-19 et à des infections antérieures par le SRAS-CoV-2 neutralisent le virus en s’accrochant à cet endroit.

Depuis l’année dernière, les virologues ont commencé à remarquer la vulnérabilité de cet endroit lors d’expériences en laboratoire. Par exemple, le virologue Benhur Lee de la Icahn School of Medicine du Mount Sinai à New York et ses collègues aidaient à examiner un traitement prometteur par anticorps monoclonal en l’exposant à un virus artificiel portant de nombreuses versions de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. . Une seule version de la protéine de pointe a échappé à leurs anticorps. Il avait une mutation presque identique à F486V.

À l’époque, Lee était soulagé que la mutation soit extrêmement rare dans la vie réelle, suggérant qu’elle entravait le virus d’une manière ou d’une autre. Seules environ 50 des près de 10 millions de séquences du SRAS-CoV-2 dans GISAID contenaient la mutation, de sorte que Lee s’est senti assuré que le traitement par anticorps serait toujours largement utile. Mais avec la montée rapide des BA.4 et BA.5 en Afrique du Sud, il semble que le coronavirus ait évolué de sorte que la mutation ne le retienne plus, explique Lee.

Analyse de risque

Lorenzo Subissi, virologue à l’OMS, affirme que l’agence suit les deux sous-lignées. Mais avant de tirer une quelconque conclusion quant à savoir s’ils représentent une menace supplémentaire par rapport aux autres variantes d’Omicron, il doit en apprendre davantage à partir d’études épidémiologiques sur les personnes. Les immunologistes abordent également la question de l’évasion immunitaire en exposant des échantillons de BA.4 et BA.5 à du sang prélevé sur des personnes précédemment infectées par le SRAS-CoV-2 et des personnes qui ont été vaccinées.

« C’est pourquoi nous avons immédiatement donné des échantillons à des chercheurs du monde entier », explique de Oliveira. Cela comprenait des chercheurs en Afrique du Sud et au Royaume-Uni, ainsi que ceux des National Institutes of Health des États-Unis et du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies.

Juste après avoir identifié BA.4 et BA.5, de Oliveira a également rencontré le gouvernement sud-africain et un consortium d’environ 200 chercheurs dans le pays pour élaborer une stratégie pour les prochaines étapes. En l’absence d’augmentation des hospitalisations en Afrique du Sud – et seulement environ 1 200 cas par jour – il a déconseillé au gouvernement de fixer des directives plus strictes que celles que le pays a déjà. Jusqu’à présent, le gouvernement n’a pas changé ses règles.

De Oliveira a été particulièrement attentif à la façon dont il a transmis des informations sur les variantes aux responsables de la santé d’autres pays, leur demandant de surveiller tout en ne déclenchant pas de politiques largement futiles, comme les interdictions de voyager, cela peut faire plus de mal que de bien. «Nous avons beaucoup de pression sur nous», dit de Oliviera. « Lorsque nous avons signalé Omicron, mes collègues et moi avons reçu des menaces de mort. Nous avons dû mettre la sécurité devant le laboratoire.

Face à de telles tensions, Barclay applaudit le travail de surveillance et la transparence de l’Afrique du Sud. Bien que les variantes du SRAS-CoV-2 de cette année provoquent, en moyenne, une maladie moins grave que les versions précédentes du virus, elle dit que ce n’est pas un signe que le coronavirus continuera de s’affaiblir. En plus d’acquérir des mutations habituelles, le SRAS-CoV-2 peut évoluer rapidement par recombinaison, en insérant un morceau d’une séquence d’un variant dans le génome d’un autre. Si une variante d’Omicron se recombine avec une variante différente du SRAS-CoV-2, elle pourrait produire un virus qui échappe à l’immunité et rend les gens plus malades, dit Barclay. « Ce serait formidable si ces nouvelles variantes faisaient partie d’une tendance dans laquelle le virus devient plus doux, mais il n’y a aucune raison biologique de croire que ce sera toujours le cas. »